主要包括增值税防伪税控开票系统、防伪税控认证系统、增值税计算机交叉稽核系统和发票协查系统等四个应用系统，这四个系统基本上覆盖了增值税征收管理的各个环节，实现了增值税管理链条上的完整性。2001年7月，金税工程二期防伪税控认证系统、增值税计算机交叉稽核系统和发票协查系统在全国范围内正式投入运行。
　　完善和功能拓展还包括：开发大容量夏C卡和修改税务端报税、认证等子系统；进行一般纳税人认定、专用发票内部管理、防伪税控系统发行管理、增值税纳税评估等子系统的功能拓展。